Я так понимаю, что перед засыпанием нужно все ноги проца перевести на ввод без подтягивающего резюка?
Или я не прав?

По обстановке. Болтающихся входов - быть точно не должно. И паразитной запитки периферии тоже быть не должно.

Болтающиеся т.е. никуда физически не подключенные?
И куда их желательно подключить? к GND? или к резервному VCC?

Желательно их никуда не подключать, а перепрограммировать на выход или подключить к ним pull-up.

Т.е. перед засыпанием:
Все не используемые пины переводим в output и выводим "1"(или сразу по ресету).
А все пины к которым подключены другие мс (не важно вход или выход) переводим в input без pull-up?
Правильно?

Не всё так огульно. И где гарантия что ничего не будет болтаться в воздухе, если и у MCU нога в третьем состоянии и у внешней микросхемы вход или выход без активного CS к примеру тоже в третьем состоянии.
Включайте голову! С прошедшими праздниками:-)

Для тех кто в танке:-) - болтающийся в воздухе пин не тот который никуда не подключен, а тот который не притянут к логической 1 или 0.