Правильно ли я понимаю, что при включении процессора после стирания запускается стартовый загрузчик, который только и делает, что пишет и читает в RAM(ну и прыгает по заданному адрессу).
Записать во флеш он не может.Для этого самба заливает в рам файл типа isp-flash-at91sam7x256.bin и передает управление ему.
Так ли это?Если да, то что находится в этом бинарнике?Каким образом можно залить бинарный файл в ram,который мог бы записывать данные во флеш?

Вообще описание работы SAM-BA, не совсем детальное, но достаточное для понимания, есть в даташите на любой МК AT91 серии.
Кроме команд записи-чтения RAM есть команда запуска - "G ADDR".
Таким образом, предварительно записав в RAM загрузчик, мы можем периодически его запускать с определенного наим же адреса. После выполнения кода загрузчика управление опять должно возвращаться SAM-BA. Загрузчику должна быть известна некая область памяти RAM, в которую далее программист будет загружать данные для записи FLASH перед очередным запуском загрузчика. Еще одна область должна быть определена для передачи приложению от загрузчика результата операции. Т.е. примерный алгоритм приложения:

1. Установили связь с SAM-BA.
2. Загрузили в сегмент №1 RAM загрузчик.
3. Загрузили с сегмент №2 данные для записи.
4. Запустили загрузчик.
5. Прочитали статус выполнения операции из сегмента №3.
6. Если статус ОК идем на п.п. 3, если FAIL сообщили оператору.