У меня отладочная плата KIT at91sam7se-ek
Как прошивать и писать программы вроде бы понятно.
Остановился на элементраном этапе, как войти в режим debag, т.е. как начать отладку.

Я так почитал пдфы, они хороши, но сами понимаете, не для советского человека, вроде бы даже интуитивно понятно что нужно использовать USB или Serial debug port

Пробовал в IAR 5.41, в которой я открываю примеры, ставить в настройках проекта IAR ROM-monitor, J-link и другие дебаггеры, в первом случае конкретно и очевидно указывается usb или com порт. Устанавливал, пишет что не может связаться, я пробовал на плате устанавливать загрузку и с ROM и с Flash, но результата нет.

Вопрос в том, как запустить отладку, и можно ли это сделать подсоединив указанную плату at91sam7se-ek через USB или Serial debug port соответствующим кабелем?

И тоже не совсем понял, нужно режим дебаг запускать используя загрузку арма из ROM или из Flash, так читал пдфы но конкретного пока не нашёл

Не знаю, что там написано у Вас в документации, но для работы отладчика нужно подключаться через JTAG используя какой-нибудь USB-JTAG адаптер, например, какой-нибудь из клонов уже упомянутого Вами J-Link.
Непосредственно обмениваясь только по USB или последовательному порту, можно лишь загрузить приложение и запустить его. Для последнего можно использовать атмеловскую программу SAM-BA.

Спасибо. Именно это я и хотел знать. Догадывался, но вы подтвердили.
Догадывался, потому что я перепробовал все способы, но ни в какую отладка не запускалась.
Да и в интернете всё время эти усб-дебаг адаптеры предлагают купить, не предлагали бы )

Там на плате разве не выведены COM-порты (на моей at91sam7S-ek есть целых 2)?
Используйте их для вывода своей отладочной информации.
В жизни один раз посмотрел как работает отладчик по JTAG для AVR - до того их не применял, а потом вообще решил что лучше своего debug-uartа ничего краше не придумать. Особенно для real-time отладки.
Также очень помогают светодиоды на плате - я бы сказал цены им просто нет