У нас была похожая проблема.
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=73356
Вкратце, на дефолтных настройках при слишком бодром потоке данных корка начинала сбрасывать пакеты. А не получив ожидаемого числа пакетов колом может встать уже любая часть системы )
Вылечилось одной галочкой в настройках корки.

А у Альтеры с кредитами куча гемороя.

Спасибо за помощь. Правда у меня не вылечилось, да и корка сама не висит, обмен идёт, ошибок не показывает, а windows висит (:

Наконец разобрались с проблемой!...
Дело было в том что ответы на чтение из BAR (RdCmpl) были не корректные (содержали неправильные ReqID, TAG и адрес).
Это происходило в случае если запрос на чтение поступал при одновременном получении и передачи данных - что возникало только в режиме full-duplex (иначе я успевал быстро отвечать и все было ОК).
В результате драйвер не мог вычитывать необходимые данные о состоянии устройства (в нашем случае информацию о произошедшем прерывании), что и приводило к весьма печальным последствиям.