Имеется собственная плата с FPGA Virtex5, устанавливается в слот PCI-E x4.
В операционке (Винда) собственный драйвер.

При передаче данных по DMA (устройство в режиме master) только в одну сторону, либо операции передачи данных в ПК, либо из ПК, все работает отлично.

Но захотелось большего, и решили запустить full-duplex. И вот здесь возникла проблема: портятся данные, которые приходят из устройства в ПК.
Причем при проведении теста (заполнение памяти устройства константой и ее вычитывание), приложение на компе получает просто странные данные, никаким образом не коррелирующие с исходными. Причем в ChipScope, при попытке обнаружить передачу в EndPoint не заданной константы, этого не обнаружено, что заставляет думать о проблеме с Endpoint либо с его конфигурацией и параметрами...

Есть ли у кого опыть запуска PCIe ядра в дуплексном режиме?

У нас была похожая проблема.
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=73356
Вкратце, на дефолтных настройках при слишком бодром потоке данных корка начинала сбрасывать пакеты. А не получив ожидаемого числа пакетов колом может встать уже любая часть системы )
Вылечилось одной галочкой в настройках корки.

А у Альтеры с кредитами куча гемороя.

Спасибо за помощь. Правда у меня не вылечилось, да и корка сама не висит, обмен идёт, ошибок не показывает, а windows висит (:

Наконец разобрались с проблемой!...
Дело было в том что ответы на чтение из BAR (RdCmpl) были не корректные (содержали неправильные ReqID, TAG и адрес).
Это происходило в случае если запрос на чтение поступал при одновременном получении и передачи данных - что возникало только в режиме full-duplex (иначе я успевал быстро отвечать и все было ОК).
В результате драйвер не мог вычитывать необходимые данные о состоянии устройства (в нашем случае информацию о произошедшем прерывании), что и приводило к весьма печальным последствиям.