Приветствую!
На FPGA Cyclone III реализован проект, в части которого дрожит времянка. Это модуль генератора и модуль синхронизации.
Модуль синхронизации вырабатывает синхроимпульс, по началу которого запускается генератор.
Клок 48 МГц подается снаружи заводится в PLL, в которой формируется 3 клока: 80МГц, 40МГц, 200МГц.
Модуль синхронизации тактируется от клока 40МГц. Модуль генератора тактируется от 200 МГц.
Проблема в том, что выходные сигналы (импульсы) генератора дрожат относительно начала синхроимпульса, в такт дрожанию длительности синхроимпульса.
То есть по правильному ни сигналы генератора не должны дрожать ни длительность синхроимпульса.
Если будет необходимость, могу предоставить исходные коды.

А дрожание в каких пределах? 250-300 пс например норма.

Дрожание в пределах 20-40 нс синхроимпульса и сигналов генератора.
Посмотрел на входной клок 48МГц. Он оказывается в пределах 1,6 - 2,3 В.
Может из-за этого? Может не схватывает как надо?

У вас дрожание 1-2 такта. Для внешнего асинхронного импульса это нармальная ошибка(+-1 такт).

Синхроимпульс генерируется внутри FPGA.
Для синхроимпульса может это дрожание и нормально.
Но для генератора, который тактируется от 200 МГц это очень много.

Что есть генератор? Моделирование показывает такое-же поведение?
Ошибка в логике работы.