Собственно вопрос в том что нужно сделать чтобы можно было вносить правки в исходник на с? Правки заключаются в том чтобы включить вочдог и сбрасывать его периодически. Как это делается в IAR? Спасибо.

Проверьте, не стоит ли у файла атрибут read-only.

В каталоге ".../аvr/doc" лежит документ "AVR IAR Embedded Workbench IDE UserGuide" (в файле EWAVR_UserGuide.pdf). Вас, скорее всего, интересует "Part 3. Project management and building" этого документа.

не стоит

Проблема решилась повторным открытием файла. Интересно как будет дальше.

Так и будет. У меня IAR для ARM ведет себя точно так же - иногда блокирует возможность редактирования файла. Исправляется это закрытием и повторным запуском IAR ...

Была такая же фишка буквально позавчера. Достаточно оказалось нажать ctrl-s (принудительно перезаписать). При попытке перезаписи иар спросил, "чо делать? r/o, однако...". Говоришь "перезаписать" и - телемаркет. Файл начинает редактироваться.

Да, бывает иногда.
Также иногда бывает что иар не может найти какой-нибудь [*.с] файл и предлагает его указать(было с запущенной отладкой).