Есть два почти одинаковых устройства, используется одна и та же печатная плата, отличие в том, что на одном устройстве часть элементов не устанавливается.
Можно ли обойтись одной схемой Э3? И как это правильно оформить по ГОСТ?

Конечно, так и надо. В СП, ПЭ3 и ВП заводятся разделы "Переменные данные для исполнений" и там размещаются элементы, которыми это исполнение отличается от базового. Исполнения обозначаются дописыванием суффиксов -01, -02 и т.д. к децимальному номеру.

Ага, при этом на Э3 можно показать какому варианту какие элементы соответствуют. Я это делал так: на первом листе рисуется таблица
децимальный номер рис.1
децимальный номер-01 рис.2

А далее в том месте где имеется различие рисовал участки схем для разных вариантов и подписывал их рис.1, рис.2.

Да. И, в данном случае, на схеме можно обойтись введением в таблицу исполнений графы "неустанавливаемые компоненты".
Перечни и спецификации - в зависимости от выбранного варианта оформления по ГОСТу.


См. ГОСТ 2.113-75 Групповые и базовые конструкторские документы