Потому как некоторые пакеты/тулзы/либы и тп.требуют определенных опций компилятора и собрать их без этих функций не получится, по этому устанавливаем соответствующие опции в настройках компилятора, а далее собираем нужные пакеты/тулзы/либы. при этом нужно пересобрать сам компилятор. make clean удаляет всё и компиль в том числе.
PS геморно, но другого варианта решения я не нашел, что б не использовать make clean. Хотя если фс небольшая времени у меня это занимает 20-30мин.

Все эти опции есть изначально - никто не мешает их выбрать сразу и не пересобирать кросскомпилятор потом, к тому же в последних версиях есть хорошая поддержка внешних кросскомпиляторов, включая codesourcery и сборку crosstool-ng. В общем случае пересобирать кросскомпилятор нет никакой необходимости.