QUOTE (ARV @ Apr 5 2011, 07:50)

1. Попробовал тупо скопировать Eclipse Helios - на "чистом" компе (т.е. ни разу не стояло ни эклипсы ни студии ни чего бы то ни было подобного) не запускается, хочет JRE в папке, которой нет (g:\eclipse\jre)
Ну так скачайте и поставьте jre в эту папку на флешку.
QUOTE (ARV @ Apr 5 2011, 07:50)

нашел portable-версию WinAVR,
Любая версия WinAVR portable по-условию - она не зависит от реестра и внешних программ.
QUOTE (ARV @ Apr 5 2011, 07:50)

но там все ориентировано на ручной make, что хотя и хорошо, не устраивает (привык к автогенерируемым эклипсой makefile).
Так это вопрос к вашей инсталяции eclipse.