Есть устройство на Windows CE 5.0
Есть необходимость менять значение ячейки памяти на заданное каждый раз при загрузке.
Как это делать правильно?

НИкогда не работал с WIN CE, но решусь на встречный вопрос, который облегчит понимание проблемы.

Откуда берется заданное значение??? Это константа, это параметр из вне, или величина, рассчитываемая в зависимости от условий загрузки???
чем БОЛЕЕ детально описана проблема, тем БОЛЕЕ развернутый ответ можно получить.

Элементарно. Пишете драйвер, который состоит из одной функции DriverEntry() и в этой функции меняет значение ячейки памяти. Драйвер инсталлируется в систему с параметром "Стартовать - вместе с системой" (для WinCE это означает, что придётся пересобрать образ системы, включив свой драйвер в образ).

1. Для запуска драйвера, как в общем случае для его разработки, пересобирать образ не нужно, также как не нужно его инсталлировать. Достаточно прописать путь к dll драйвера в соответствующую ветку реестра.
2. Добраться до физической памяти в WinCE5 в принципе можно и из обычного приложения. Которое запускается при старте записью в HKLM\Init реестра.

Вопрос только в том, что позволено сделать в конкретном образе СЕ в части возможности доступа к этой непонятной памяти (мапирование физического адреса в виртуальные адреса приложения) . Все может быть закрыто наглухо, так же как и доступ к реестру.