Как правильно завести частоты для передачи по рокетам при соединении разных отладочных плат через SMA разъемы. К примеру SP605 и ML605. Ведь если рокеты на разных платах будут тактироваться с разных генераторов, то возможен сдвиг фаз.

Добрый день.
При использовании на каждой плате своей частоты (одинаковой), результата можно добиться путем задействования
свойств трансиверов (Clock Correction).
Удачи

А есть другие варианты? Как задействовать этот механизм?

Всё зависит от интерфейса, который Вы реализуете.
В некоторых интерфейсах есть средства согласования приемопередатчиков, работающих на различных частотах, в некоторых - нет.

Хорошо, допустим я использую интерфейс, в котором нет средств согласования приемопередатчиков. Есть ли другие варианты как решить эту проблему?

Если средства компенсации нет в интерфейсе - его надо вводить в протоколе уровнем выше.
Разница фаз в общем не особенно большая проблема. Проблемы начинаются тогда, когда возникает разница частот.
Разница частот приводит к тому, что данные на одном конце передаются быстрее, чем могут быть приняты, или обработаны на другом.
Решается такая проблема тем, что из потока удаляются или вставляются символы-заполнители, наличие (или отсутствие) которых не влияет на передачу пользовательских данных.
Впрочем, иногда эта проблема не решается никак, если допустима потеря (или повторение) символов с не очень большой периодичностью.

эластичные буферы вам в помощь

Если нет механизма компенсации разницы частот, то способ один - подать на рокеты разных плат общуя опорную частоту