Устройство на AT91SAM9XE512 , загрузка с JTAG/ICE, с кварцем полностью работоспособно, с внешним генератором не грузится FLASH.
Параметры входной частоты как просят, CKRG_MOR регистр в Bypass Mode установлен.
Если загрузить FLASH при подключенном кварце, а потом перейти на внешний генератор, опять-таки все работает.
Нужна помощь клуба!

Т.е. 1.8V, частота та же, что и у кварца?

Какая частота JTAG, используется ли адаптивное тактирование?

Пробовали ли программировать флеш "вручную" через EEFC при работе от генератора?