Здравствуйте!
А можно ли делать такое сопряжение
входа GCLK0 Altera EPM240 c 5-ти вольтовым генератором тактовой частоты (KXO-200 terraelectronica)?

Если встроенные защитные диоды в Максе есть - то можно.
Только входная ёмкость макса скажем 10пФ и резистор 510 Ом образуют ФНЧ с частотой среза 30МГц - соответственно на 48МГц будет затухание + прямоугольник превратитьтся в синус.
Поэтому насчёт такого большого резисторя я бы подумал.

Диоды есть только в сериях EPM1270 и выше! которые PCI совместимые. И то только в 3й банке.

Тогда проще пятиногий Тинилоджик поставить между кварцем и альтерой - типа NC7SZ04 - он 5вольттолерант.

Вот это подойдет ? SN74LVC1G04 (1 элемент НЕ, 1.65 - 5.5 В - SN74LVC1G04DBVR)

Можно просто резистор 1 кОм с правого концы R5 на землю, 5 В в 3.3 В разделит.
А лучше уменьшить резисторы, R5 220 Ом и 470 Ом на землю, чтобы полосу частот расширить.

Посмотрите в сторону микросхем серий 74AHC, 74VHC, 74LCX.
Они все толерантны к +5В.
А ещё лучше возьмите генератор KXO-V97T. Купить их совсем несложно.
Можно также поставить генераторы фирмы БМГ-ПЛЮС http://www.bmgplus.ru/xo.html

Не проще ли поставить 3хвольтовый генератор.

Проще если-бы они у меня были, а в нашем мукосранске (Тольятти) что есть, тем и пользуюсь.
Вобще получается, что подобный 3-x вольтовик дороже самой EPM240.
Всем спасибо за советы, добавлю в схему SN74LVC1G04.