Использовал для программирования программатор CVAVR1.24.6 St и STK 500.
Все было OK! После установки CVAVR1.24.8b Prof старые корпуса Mega168
(у которых уже были запрограммированы фузе биты) продолжали программироваться
у новых перестала считываться сигнатура. После этого и программатор Астудио 412SP1
перестал программировать новые корпуса. Оказалось, что CVAVR1.24.8b в закладке AVR Studio
BOARD STK500 значение частоты ISP Freq 28.36 kHz меняет на 460.8kHz, после чего
программирование становится невозможным. Все это повторилось на двух рабочих местах.
Что делаю не так?

CVAVR пытается сэкономить ваше время...
А вообще частота ISP должна быть в 4 раза меньше чем частота Fosc программируемого МК. Новые МК запрограммированы на работу от внутреннего RC - 1Mhz.. Т.е. первым делом, что вам нужно сделать - запустить AVR-Studio установить настройки Board -> ISQ Freq - 57.6Khz, прошить фузы на работу от внешнего кварца, а затем уже программировать их из CVAVR.

Приходится так делать хотя это и не совсем удобно.Спасибо

Спасибо CVAVR за заботу о нас (скорость программирования действительно существенно возрасла)
и позор мне за не заботу о CVAVR.