Представьте: прерывания уже были запрещены (и не просто так, наверное), выполнили CLI (которая ничего не изменила), прочитали регистры, а потом что?
Разрешить прерывание теперь - значит нарушить нормальный ход программы. Для этого и нужно сохранять состояние - чтобы была возможность вернуть процессор в исходное.

Убедили

Что-то у меня логика не сходится.
Пусть прерывание произошло между чтением младшего и старшего байта. Пока читается младший, старший , тихой сапой , переползает в регистр временного хранения. Прерывание сохраняет , полюбасу , следующую команду и тихо уходит по своим делам . Если в эти дела , таймер не замешан , то старший байт сидит и ждёт своей участи , торча там где ему и положено, счётчик считает. Все заняты своим делом.
Вернулись , прочитали старший байт - он не изменился. Т.е , если в прерывании timer не задействован , то нафинг запрещать прерывания перед чтением.

В этом случае действительно ничего запрещать не надо.

Спасибо