интересная вещь происходит. Не сходится CRC флеша до прошивки и после. Другими словами, я проверяю CRC содержимого flash сразу после старта бутлоадера, и оно сходится с заданным, затем перепрошиваю flash средствами bootloader'а на точно такую же и снова после прошивки проверяю CRC той же функцией, что и до прошивки и она не сходится. Но если передёрнуть ресет, и, как сказано выше, бутлоадер снова проверит CRC, то оно сойдётся.
Почему именно после перепрошивки не сходится?

Во время прошивки RWW область флеша блокируется на на чтение. Надо ее снова вернуть в рабочее состояние, почитайте описание бита RWWSRE в регистре SPMCR. В AVR-libc для этого есть функция boot_rww_enable();

Спасибо. Было именно оно