Разобрался сам. Как это обычно. Для ATMEGA16 16 МГц таймеры 0/1 по прикидкам (Fast PWM) макс. частота получится порядка 130 кГц. Хотя по док-и как я думал д.б. больше? Я использую ШИМ чисто как источник сигналов. Поэтому у ATMEGA16 можно использовать таймеры 0/1 режим СТС. Тогда частота получится сотни кГц.