Проблема решилась, клоки неправильно на ядро заводил. Посчитал что receive_clock_connection и transmit_clock_connection -
клоки для RGMII, а это оказывается клоки Avalon ST приёмника и передатчика. Клоки psc_mac_tx_clock_connection и psc_mac_rx_clock_connection,
не разобравшись, подключил к тактовой процессора, а они и являются клоками шины RGMII.
Надо, как на рисунке. Далее на tse_mac_rgmii_txc заводится та же линия что и на RGMII_TXC, на tse_mac_rgmii_rxc - линия RGMII_RXC.
Эскизы прикрепленных изображений