Проблему нашел.
Переключение на загруженную программу происходило в режиме UserMode, и соответственно в нем же
начиналось выполнение загруженного кода. Из этого режима не выполняется инициализация режимов
работы ядра (при прохождении в дебаге, контроллер удачно проходит по коду

и не вызывает подозрений). Оставил работу загружчика в SystemMode и все стало нормально работать.