1. Что все-таки с тактовой? Добавьте в инициализации PIO:
Код
AT91C_BASE_PMC->PMC_PCER = (0x01UL << AT91C_ID_PIOA);
2. PA0 работает, или только возвращает "1"? "0" подавать пробовали?
3. Возможно, к делу не относится, но все же:
Код
regs->PIOA_OER = 0x2080000; //Настройка выводов PA на выход
красивее, понятнее и безопаснее записать так:
Код
#define PA25 (0x01UL << 25)
#define PA19 (0x01UL << 19)
regs->PIOA_OER = PA25 | PA19; //Настройка выводов PA на выход