Теоретически можно, но может оказаться не просто.
Нужно вынуть полный образ флеш (точнее ту ее часть где лежит загрузчик e-boot, образ NK.bin и реестр), из самой WinCE этого не видно. Загрузчик e-boot (его тоже надо как-то активировать), обычно имеет только функции записи образа.
Можно считать содержимое флеши при помощи JTAG, если он доступен и к нему можно подключится. Дело не упрощает, то что там скорее всего NAND память.
Поищите, попадалась ссылки на раздербаненные навигаторы и превращение их во что-то другое. Например
caxapaС готовыми массовыми платформами часто так. Вроде дешево и очень функционально, но попробуй чего-то поменяй или добавь. А WinCE специально задумана, чтоб без желания поставщика не меняли и добавляли.