Вроде нашол как это сделать.
в студии в свойствах проекта->Memory Setings->Memory segments Flash .bootloader 0xfd00
в eclipse для соответствующего сегмента нужно прописать "-Wl,-section-start=.bootloader=0x1fa00" в свойства проекта->c/c++ build->settings->tool settings->AVR C++ Linker->Other Arruments
|