Начать размышления следует с того, какой кондер на выход поставите RMS под 40А

Так что рекомендую забыть:
а) про флай
б) про топ
Топология - или форвард, или пушпул, или, лучше, дабл конвершн - нерегулируемый пушпул и бак за ним, который и будет уже стабилизировать ток.