Приветствую.
Помимо 256-разрядного ключа требуется задавать AES Initial Vector. Тогда будет повторяемость nky.
Но мы поступили иначе - при первом запуске Generate Programming File вообще не задавали ни ключа, ни вектора, позволили процессу создать nky файл, слегка модифицировали его (запараноились

и в последующей сборке подсовывали в качестве параметра не ключ с вектором (ключи пустые), а уже готовый nky-файл. Полученный таким образом новый битстрим грузится без проблем.
Не забываем установить параметр Encrypt Key Select в значение eFuse.
И, да, для прошивки eFuse Impact-у требуется Platform Cable USB II. С другими не работает.