Аналогично...

Откомпилировал проект, который заведомо работал под предущей версией и в железе отлажен... При компиляции компилятор выдал несколько предупреждений, которых ранее не было... Что-то там устарело...
Стал смотреть под симулятором в AVRStudio... Дак вместо попадания в обработчик прерывания по таймеру, почему то программа попадала в точку входа при сбросе микроконтроллера... вообщем, постарался понять почему так... посидел... почесал репу... понял что глючит... плюнул и откатился на старую версию...