Цитата(Evgenius_Alex @ Nov 13 2014, 16:27)

1. На какой пин подавать опорное напряжение AREF ? В ATmega128 есть одноимённый пин AREF.
Ни на какой. Нет такого пина. Vref=Vdda=Vdd, к сожалению.
Цитата(Evgenius_Alex @ Nov 13 2014, 16:27)

2. Как программировать данный МК, т.е. какие пины задействованы при программирование, какая обвязка?
Достаточно всего двух сигналов: SWCLK, SWDIO, никакой обвязки не надо. Для удобства неплохо выводить также SWO, RST.
Цитата(Evgenius_Alex @ Nov 13 2014, 16:27)

3. Какой программатор использовать для внутрисхемного программирования?
ST-LINK. Кстати, он входит в состав демо-плат STM32 Discovery.