Может что-нибудь из примеров загрузчиков IAR EWARM v4.11a может подойти?
Там немного другая идеология (прошивка во внутреннюю Flash), но в качастве примера кое-что взять можно.
Кроме того, опять же в качестве примера, можно взять open source загрузчики от
Atmel для AVR, а именно AVR109(firmware) и AVR911(PC software). Протоколы связи можно и самому написать.