Там в мануале кое-что написано:
Цитата
Before setting EN bit to '1' to start a new transfer, the event flags corresponding to the stream in DMA_LISR or DMA_HISR register must be cleared.
Соблюдаете?
Ещё помнится, что в каком-то из стишных DMA нужно было перед повторным включением заново инициализировать некоторые регистры (типа адресов источника и получателя), хоть они уже и читаются с правильными значениями. Чудеса, короче.