Есть несколько вариантов, как это сделать.
Один из вариантов - скомпилировать ваш C++ код отдельно в виде библиотеки (dll), а затем вызывать библиотечные функции из S-функции.
О том, как вызывать функции из разделяемой библиотеки в Simulink, я написал здесь:
http://www.mathworks.com/matlabcentral/fil...ink_shrlib.htmlS-Function Builder это не лучший подход в данном случае, когда нужно передавать S-функцию заказчику. Я бы рекомендовал Legacy Code Tool или блок MATLAB System (больше информации по ссылке выше).
===
Центр компетенций MathWorks в России
www.MATLAB.ru