Цитата(GetSmart @ Sep 29 2015, 19:48)

При загрузке прошивки по USB никакие isp-команды недоступны. Процессор "встаёт" в системе как диск с одним файлом. Файл можно прочитать или записать. Чтобы залитая программа запустилась нужно каким-то способом подать на процессор сигнал Reset и одновременно с этим пин процессора, отвечающий за запуск ISP-режима должен быть в состоянии "1".
Это цитата из документации. Я ее тоже читал.
Загрузка прошивки по usb документирована слабо. Например совсем не описан процесс загрузки если хост самописный (или без поддержки fat12).
Остается надежда на скрытые возможности ROM loader.
Цитата(Golikov A. @ Sep 29 2015, 19:55)

можно переписать загрузчик на свой, с любой логикой...
Можно переписать windows на свой. Но лучше этого не делать.