У нас много лет так платы делали, пока не перешли на ORCAD.
Для этого написали скрипт трансляции нетлиста из PCAD в Allegro.
Он только не заменяет корпуса микросхем, их приходится править вручную, но это не долго...
Если сильно надо, то могу срипт скинуть куда-нибудь, но вряд ли он впишется в ваш процесс без применения "напильника".