Цитата
прикол весь в том, что это сообщение выводитсья иногда раз в час, иногда раз в 2, 3 часа при том, что "bool=1!" вообще НЕ выводится. Не понимаю вообще какого черта
Переменная boolTest, скорее всего, лежит в одном из регистров процессора, и если сообщение выводится раз в час, а не начинает выскакивать постоянно, значит содержимое этого регистра остается неизменным. Похоже, что в прерывании искажается значение CPSR.
Посмотрите asm листинги main и проверьте корректность процедуры сохранения/восстановления контекста.
Запихивать контекст прерывания в отдельную область памяти, по-моему, не лучшая идея. Тем более что это никак не поможет.