На самом деле при сбросе Fuse генератора достаточно подсодинить внешний CLK, от какого либо генератора (например другой MEGA), а параллельное ВВ программирование не отключается на AVR никогда, в отличии от SPI или JTAG, у которых есть соответствующие Fuse и которые ЖРУТ ценнейшие микроамперы энергии (+ затруднение считывания прграммы при серийном производстве)!