Символы в DxDesigner не создаю. Проверил, действительно, сходу Dx начал ругаться, если длину пина установить нулевой. Тогда решение в лоб, файл символа имеет такую структуру см. ниже, для символа с тремя пинами, берем эту строку P 3 0 40 10 40 0 2 0 это третий пин, и правим четвертое поле, т.е вместо 10 пишем 0, сохраняем. Если действительно нельзя настроить Dx на пины нулевой длины, то написать скрипт который сам файлик правит

V 53
K 303395684900 sym3
F Case
|R 11:26_9-25-07
Y 1
D 0 0 100 120
Z 10
i 3
U 0 -50 10 0 3 0 PKG_TYPE=SYM3
U 0 -40 10 0 3 0 LEVEL=STD
U 0 -30 10 0 3 0 PARTS=1
U 0 130 10 0 3 0 REFDES=U?
U 0 -10 10 0 3 0 DEVICE=SYM3
P 3 0 40 10 40 0 2 0
L 10 40 10 0 2 0 1 0 PIN3
A 10 40 10 0 9 0 #=3
A 20 45 10 0 2 0 PINTYPE=IN
P 2 0 60 10 60 0 2 0
L 10 60 10 0 2 0 1 0 PIN2
A 10 60 10 0 9 0 #=2
A 20 65 10 0 2 0 PINTYPE=IN
P 1 0 80 10 80 0 2 0
L 10 80 10 0 2 0 1 0 PIN1
A 10 80 10 0 9 0 #=1
A 20 85 10 0 2 0 PINTYPE=IN
b 10 10 90 110
E
"Мы будем играть, пока не треснут наши гитары, и все те, кто любит рок - я отдаю вам честь!" AC/DC