Определите его отдельно с помощью команд условной компиляции
Код
#ifndef GPIOR1
#define GPIOR1 //<=тут определение
#endif
#define flags ( * ( (struct status_flags*) ((void*)(&GPIOR1)) ) )
Либо таким же способом (c помощью условной компиляции) в текущий хедер включите тот хедер, в котором GPIOR1 определен.