Ну, как я понял
PHP pcre installationЦитата
Note: As of PHP 5.3.0 this extension cannot be disabled and is therefore always present.
It is still possible to build against an external PCRE library by using --with-pcre-regex=DIR
т.е. конфигурятор просто не находит либу и отключает сию опцию? Просмотрите внимательнее вывод ./configure. Обычно он пишет, что-то вроде: "checking for <lib/header>... yes", если нашел и "... no", если не нашел. Если проблема в этом, просто добавьте в параметры конфигурятора абсолютный путь к библиотеке (с помощью --with-pcre-regex=DIR).
Абсолютный путь, конечно криво указывать (!), но зато способ быстро заставить работать. Если проблема в этом, потом можно и сборочные скрипты поправить.