МК сам не распознает тип памяти, подключенной к cs1. Память ему об этом сама не сообщит.
Вот что увидел в коде UC3 Framework (sdram.c):
Код
// Enable SDRAM mode for CS1.
AVR32_HMATRIX.sfr[AVR32_EBI_HMATRIX_NR] |= 1 << AVR32_EBI_SDRAM_CS;
AVR32_HMATRIX.sfr[AVR32_EBI_HMATRIX_NR];
Я понял, что EBI конфигурируется с помощью своего sfr в HSB Matrix.