Да, конечно можете, и ногами D8, D9 тоже. и не важно есть ли ремап и включен ли usart.. (Это вам не Мега

)
Если вы ногу конфигурируете как ногу GPIO то она таковой и будет.
Причем, вход usart-а , например, может быть подключен параллельно входу GPIO , и в регистре IDR будет дублироваться то что ноге в данный момент есть..