Здравствуйте!
Во-первых, все формулы есть в исходном коде страницы.
В первом случае все достаточно просто.
e = 1 ppm,
d = X seconds/day
d = (ppm / 10^6) * 24 * 60 * 60 [секунд за день].
Не могу понять, почему в формуле не фигурирует частота.
Возможны варианты:
1. Частота опорного генератора равна 1 МГц, и тогда формула верна.
2. Частота не равна 1 МГц и тогда формулу корректнее записать так:
d = (pps / 10^6) * 24 * 60 * 60; приведя parts per million к parts per second.
3. Я все-таки чего-то не догнал.

Во втором случае — расчет ошибок зависящих от температуры — банальная парабола перевернутая.
Код
// calculate error caused by temperature response of the crystal
e1 = -0.042*Math.pow( (25-t1), 2);
Ее внешний вид показан в соответствующем аппноуте