Как-то это очень стремно выглядит.
На мой взгляд, есть смысл поделить проект так, чтобы не было необходимости таскать между микросхемами высокоскоростные данные, причем СТОЛЬКО.
Цитата
ФПГА 1 Принимает входной клок 100МГц от резонатора на плате, внутри имеет DCM выдающий 300МГц клок для всей рабочей логики на этом чипе, а также этот 300МГц клок от DCM подается на выход чипа и как вход основного клока на ФПГА 2
Не лучше ли от одного генератора запитать обе через "размножитель" тактовых сигналов?