Как говорится, на заметку разработчику.
Столкнулись тут с проблемой. Был мелкосерийный девайс на базе at91sam7x256. Под него был склад с камнями 2008-2009-го годов рождения. Склад закончился, купили новые камни (2011 года производства) и с удивлением обнаружили, что давно отлаженный софт на них не работает.
Оказалось, что старые камни были с буквой "а" на конце, новые - с буквой "б". Скачали свежее описание с Atmel'а и в разделе изменений (errata) нашли, что у камней с буквой "б" нужно два раза подряд сбрасывать SPI-управитель, иначе он в режиме с непостоянным NPCS работать не желает.
Проблема решилась двумя подряд *AT91C_SPI0_CR = AT91C_SPI_SWRST;
Надеюсь, кому-нибудь это сэкономит время