Проверьте библиотеки на наличие девайс-файлов, расширение у них текстовое, а содержание примерно следующее:
(DEVICE FILE: CNI-HDMIX-S24A-

PACKAGE CONN_HDMI_L1220
CLASS IO
PINCOUNT 23
PINORDER 'CNI-HDMIX-S24A-B' '+5V-POWER' 'CEC-GND' 'CLK-SHIELD' 'D0-SHIELD' 'D1-SHIELD' 'D2-SHIELD',
'HDMI-CEC' 'HOT-PLUG-DET' NC 'TMDS-CLK-N' 'TMDS-CLK-P' 'TMDS-D0-N' 'TMDS-D0-P' 'TMDS-D1-N',
'TMDS-D1-P' 'TMDS-D2-N' 'TMDS-D2-P' 'TMDS-SCL' 'TMDS-SDA'
PINUSE 'CNI-HDMIX-S24A-B' POWER GROUND GROUND GROUND GROUND GROUND UNSPEC UNSPEC NC UNSPEC UNSPEC,
UNSPEC UNSPEC UNSPEC UNSPEC UNSPEC UNSPEC UNSPEC UNSPEC
FUNCTION G1 'CNI-HDMIX-S24A-B' 18 17 11 8 5 2 13 19 14 12 10 9 7 6 4 3 1 15 16GROUND DGND ; 23 22 21 20
PACKAGEPROP INSERTION THD
PACKAGEPROP PARENT_PART_TYPE 'CNI_HDMI_N-L1220'
PACKAGEPROP PARENT_PPT CNI_HDMI
PACKAGEPROP PARENT_PPT_PART 'CNI-HDMIX-S24A-B'
PACKAGEPROP PART_DESCRIPTION 'CON HDMI RECEPT SMD RHT ANGLE 1775040-2 BLK SMD019'
PACKAGEPROP PART_NAME CNI_HDMI
PACKAGEPROP PART_NUMBER 'CNI-HDMIX-S24A-B'
PACKAGEPROP SCD_LINK 'http://twdocs.adb.pl/doc/87128_CNI_Series'
PACKAGEPROP STATUS ACTIVE
PACKAGEPROP VALUE '1775040-2'
END
И может получится такая штука: девайс-файл сгенерирован по первоначальному футпринту, потом этот футпринт был откорректирован, девайс-файл к нему не коректировался. В итоге получим разное описание выделенной части девайс-файла и аналогичного описания в пэкейджинге(файлы pstchip.dat, pstpin.dat). Вот на это скорее всего Аллегро и возмущается. Не уверен, но уж очень подозрительно похоже звучит "Device library warning..."
Самое простое решение, если такие девайс-файлы есть - удалить их. При наличии файлов пэкеджинга они не нужны. Ну может на всякий случай бэкап сделать...