QUOTE
2. FFT считает фазу не исходного сигнала, а периочического с периодом окна FFT (в общем случае сигнал с разрывами первого рода). Совпадение будет только при точном совпадении длительности окна и N периодов сигнала.
А как Вы хотели? Корреляция с произвольной частотой тоже будет "оборвышем", ибо не всякая произвольная частота точно ляжет в окно.
Математически корреляция с произвольной частотой (при ограниченном окне) равнозначна интерполяции полиномом по результатам ДПФ.
Расчет фазы по ДПФ привлекателен тем, что используется весь сигнал, а не только моменты пересечения 0, коих немного.
Т.е. например при размере окна 1024 точки и частоте сигнала десять периодов за окно в расчете через ДПФ участвует все 1024 точки, а в расчете по пересечениям - только 20. Разница в 50 раз, что есть 17дБ по шуму.
А вообще глобально я бы озаботился еще и источником опорной частоты со стабильностью не хуже 10^-9.
"Практика выше (теоретического) познания, ибо она имеет не только достоинство всеобщности, но и непосредственной действительности." - В.И. Ленин