Нет, я к такому не готов.

Если у компонента 33 таких дырки, да еще и разного размера, то это слишком.
Насчет сверления два раза: по идее такие вещи, если случаются, должны удаляться в процессе подготовки к производству (если люди там нормальные). Но и в самом аллегро тоже есть опция для удаления одинаковых координат. Я всегда включаю, проблем еще не было.
Очевидно, трудности в том, что есть только два типа падстеков: поверхностные и сквозные. Нету задания глубины пина.
В новых версиях видел поддержку компонентов, встроенных в плату, может, там есть такие падстеки?