Попробуйте сделать так:
выбрать Project -> Edit Configurations -> Release
на вкладке Project -> Options -> Linker установить
Format -> Other: Output Format - msp430-txt
тогда после make в папке release/EXE будет лежать
файл filename.txt, который можно грузить в MSPFET.
P.S. вот только у меня как раз наоборот - MSPFet не прошивает,
а IAR работает нормально.