Ребята читайте документацию на ModelSim.
1. Запускайте ModelSim.
2. В Tools/Edit preferencies настраивайте все окна так как вам хочется.
3. Сохраните ваши настройки в файле modelsim.tcl
4. Можете скопировать его в отдельную папочку( чтобы эти настройки могли всегда за гружаться с запуском программы)
5. Далее открываем Переменные Среды (windows)
6. В преременных среды пользователя создаем
переменная: MODELSIM_TCL
значение

путь к сохранненому выше modelsim.tcl)
7.Все
теперь при каждом запуске ModelSim будут загружаться ваши собственные настройки.