Возможно, что и iMPACT бы прошил, если ему вручную добавить bsdl файл от старой ревизии миросхемы. Поскольку bsdl файлы привязаны к конкретному IDCODE, то для каждой ревизии (с разным IDCODE) нужен свой bsdl, то есть для одной и той же серии XC9536 должно быть 2 разных bsdl. Архив
ftp://ftp.xilinx.com/pub/swhelp/bsdl/xc9500.zip содержит 2 варианта xc9536.bsd и xc9536_v2.bsd. Возможно, что у iMPACT'a есть только xc9536_v2.bsd. Foundation выбирает из 2 файлов нужный сам.
Правда другое дело, что iMPACT может не иметь встроенной поддержки каких-то режимов старой ревизии XC9500. Например, одно из отличий было, что первые XC9500 не поддерживали режим быстрого стирания, а v2 стираются гораздо быстрее. Не исключаю, что iMPACT может уметь стирать только быстро, а старая микросхема только медленно. Foundation гарантированно умеет и так, и так.