Если компонент подключен дорожкой в другом слое, то он в любом случае подключается к Cooper Pour независимо в каком слое этот Cooper Pour находится.
Forced Thermal Relief не поможет, если ножка не подключена к Cooper pour или же не правильно сделан Footprint.
AlexPec поясните, какого типа Plane используете (plane тип или routing), т.е. негативный или позитивный? А также всё-таки проверьте footprint`ы Может действительно всё просто

Удачи