1 Потому, что модем требователен к пульсациям питающего напряжения
2 Трассировать неудобно. Резисторы дешевле

Можно вообще отключить pullup выходного порта, если контроллер позволяет, а на вход последовательно резистор поставить - пусть на шину питания излишки сливаются, это если экономить на резисторах
3 Выбор модуля зависит от наличия оного у поставщиков компонентов, и только потом уже от параметров и цены