Я специально ни чего не менял. компилятор в BSP Editor->Main->Settings->Advanced->cc = nios2-elf-gcc -xc
также стоит галка в BSP Editor->Main->Settings->Advanced->enabled_c_plus_plus
размер кучи ни где не задавал. стоит в BSP Editor->Linker Script - см скрин.
попробуй выделить минимальное кол-во маллоком? что вернёт. Попробуй оператор new, new тоже выделяет память из кучи. если new выделит, а malloc нет, то проблема не в размере кучи.
Эскизы прикрепленных изображений